禁军声称元伯鳍当年投敌，元伯鳍表现诡异，既不反抗也不申辩，偏偏抓他的梁竹好似对他有私仇，对他下手极狠。甚至为了刺激元伯鳍，梁竹还从太学把他的族弟元仲辛抓来。不料元仲辛诡诈滑头，对元伯鳍毫无兄弟之情，连声叱骂划清界限，甚至提出配合做假证诬陷元伯鳍的请求，被梁竹赶了出去。然而元仲辛这一切都是伪装，他从见到兄长第一眼起，就觉得这次事件另有蹊跷，也不管禁军有多恐怖，决定救出元伯鳍。太学内与元仲辛同屋的门阀麒麟子王宽，生性耿直，平生不曾说谎，偏偏又及其聪慧，很快看穿元仲辛打算，并且出于公理，决定助元仲辛救兄，元仲辛不愿牵连王宽，二人争执时，有神秘女子出现，提来一张夜宴请柬，声称若要救元伯鳍，可赴宴细谈。

神秘女子归来，要元仲辛杀死王宽做投名状，否则就将他斩杀刀下。元仲辛犹豫后，果断提刀，电光火石间戳穿王宽心口，王宽衣衫带血颓然倒地，包括那少女在内，所有人都愣住，不耻元仲辛的行为。元仲辛却趁机接近少女，匕首胁迫，想要用她的命换大家逃出生天。随即王宽起身，众人这才反应过来，刚才那幕竟然是两人在毫无交流的情况下，默契配合演的一出戏。元仲辛和大辽暗探僵持谈判，听闻少女自称赵简，王宽脸色大变，突然上前夺下元仲辛手中匕首，赵简找到机会，迅速反制，元仲辛气结，不懂王宽发哪门子疯。王宽却道出赵简是与自己定下娃娃亲的皇族贵女，继而拆穿所谓的大辽暗探都是禁军假扮，韦衙内瞠目结舌，元仲辛直呼赵简嫂嫂。

元仲辛跟着赵简住进了客栈。大辽暗探韩断章出现在开封城内，紧随二人之后，却发现客栈内有禁军埋伏，不愿轻举妄动。王宽和韦衙内被小景和薛映带到了一个神秘书房，书房内，大宋筹备多年的秘阁计划主使人陆观年现身。原来这次行动，除了对元仲辛的试探外，更是对王宽和韦衙内的考验。大宋暗借秘阁编制，事实上由枢密院和中书省合作，聚集大宋各路精英作为学官，网罗天下少年，创造亘古未有之学院，目的就是想要在秘阁内教出不拘一格忠诚为国的独特人才。用来抵抗敌方暗探，执行秘密计划。

元仲辛和大辽韩断章合力，将赵简绑在一家香油铺，这里也是大辽布下的暗桩所在。赵简被抓却并不放弃，反而提出条件，只要杀了元仲辛，就把秘阁的所有内情告诉辽人。赵简和元仲辛暗战未休，突变又起，表演木傀儡的傀儡师老人神奇出现，分散韩断章和暗探注意力，元仲辛趁机解开赵简桎梏，带她从后院逃离，一时间赵简也不知道这家伙在搞什么鬼。韩断章两人惊起追逐，反而落入陷阱，被元仲辛和傀儡师拿下，就在赵简以为元仲辛只是用苦肉计捉拿辽人时，元仲辛再次把赵简打晕，他没想背叛大宋，可也没打算和官方合作。

元仲辛把韩断章和大辽暗探设法交给秘阁后，寻了辆马车要把赵简带出城去，却再次落入秘阁包围圈之中。元仲辛被赵简带回，刚刚入阁的第七斋成员将其团团围住，元仲辛突然提起韩断章在香铺藏了份密文，十分紧要，自己可以带他们去拿。面对诡计多端的元仲辛，众人一时不知他哪句真哪句假。赵简略一沉吟，还是应允。香铺，并未有元仲辛所说的密文。赵简冷笑拆穿元仲辛的盘算，元仲辛只不过想借密道逃脱罢了。元仲辛惨笑表示宁可自杀也不愿加入密阁送死，随即翻身跌近后院水井。王宽观察四周，指出其间门道，这口井通向河流，元仲辛常帮人捞尸赚钱，深谙开封水系，定是借此逃脱了。

陆观年告知元仲辛，他参与太多，没有抽身可能，入秘阁，将来还有机会帮助元伯鳍，元仲辛无奈答应，与陆观年定下一年之约，一年后他便离开。密阁第七斋成员终于到齐，而他们面对的第一关，就是找到秘阁入口所在。元仲辛通过风口找到暗墙入口，一路穿梭。暗墙后别有洞天，庭院楼阁却是秘阁所在。元仲辛再次见到陆观年，陆观年告知第七斋众人都曾面对过这道关卡，或凭学识、或凭追踪、或凭钱财解决，唯有元仲辛和赵简两人第一眼便找到了暗墙，极为难得。陆观年判定两人将来会是密阁最优秀的学员。赵简骄傲扬头，满脸瞧不上元仲辛，偏偏对方也好死不死被分到第七斋，和她抬头不见低头见，赵简很是愤慨。

按照元仲辛的交代，韦衙内对症下药，果然成功当选，众人哗然，赵简将怀疑的目光看向事不关己的元仲辛。五天时间已到，陆观年进入学堂，宣布任务，第七斋要去牢城营找到一份丢失的大辽密文。牢城营就像现代的大型监狱，各种罪犯被关押其中劳役抵罪，兹事体大，他们必须伪装成罪犯潜伏。尽管有些疑惑，但刚当选斋长的韦衙内还是接受了任务，随即建议把重伤的元仲辛排除在外，陆观年应允，顺便剥夺了赵简参与的资格，让她继续照顾元仲辛。赵简不甘争辩，却于事无补。

王宽四人被投入牢城营寻找密文，赵简莫名被元仲辛牵连，留在密阁，内心不忿却无可奈何，只能对元仲辛摆臭脸。元仲辛倒是无所谓，两人吵吵闹闹之际，陆观年冷面走来，告知一个惊人的消息，王宽等人在牢城营全部失踪了。陆观年要两人去牢城营寻人，元仲辛要求知道整件事情的来龙去脉。陆观年将两人带到一间密室，密室内关押的，是他们的老熟人韩断章。原来韩断章已经与秘阁达成合作。他之前被抓也是故意，为的就是送人情。韩断章得到消息，有个辽邦暗探化身出粪人藏身汴京，暗地打探出一批弓弩技师的名单，准备送往大辽。那个暗探原本已经快要出城，未想得罪了韦衙内，被送进牢城营，之后突然暴毙，弓弩技师的名单也消失无踪。

山洞深幽，一个女子背身吟唱，仿佛山魅，这情形实在诡异。赵简忍不住想要一探究竟，就在快要接近女子时，一只手突然伸出，把她拉到隐蔽的地方，赵简惊骇，准备反抗，却发现对方居然是王宽。寻找之际突然传来消息，营头居然被刺杀了！副营头借元仲辛是最后见过前任营头的犯人对他百般试探，元仲辛反应迅速，假借库房丢失兵器一事，表示前任营头之所以传唤，是因为他是新犯人，脸生方便做卧底去查这件事。副营头似乎信服，元仲辛刚松口气，未料，副营头剑锋一转，询问他的妻子赵简为何不见踪影。元仲辛只好说或许去了伙房帮忙。

元仲辛假借向副营头报告情况，引开副营头的注意力，赵简趁机潜入房间，偷走素星桥相关名册，元仲辛见赵简得手，抽身离开。通过名册，两人发现，素星桥三个月前入狱，因被人告发运私盐。巧的是，大辽暗探冯主是两月前入狱而死。时间相隔太近，两人甚至开始怀疑冯主是不是真的死了？赵简决定挖坟验证自己的猜想，不想丁二突然出现，感谢赵简点醒了他，丁二说他可以帮她一个忙，比如杀了她的爹爹。赵简惊骇，觉得丁二非同常人。传道人、副营头带着韦衙内等人进洞谈判。丁二要求元仲辛把赵简让给自己，元仲辛深感莫名。

第二天，越狱悄然进行，王宽等人偷偷点燃火把，提前暴露行踪，外营士兵蜂拥而入。素星桥刀锋一转，帮着外营士兵对付传道人。传道人搬出元仲辛偷盗的弓弩应对，发现弓弩早就被做了手脚无法使用。厮杀展开，第七斋死守城门，元仲辛和赵简发现丁二武功高强。丁二亮出身份，他是夏军暗探首脑。和谈之际，宋夏不可明面交战，但袁昊想出另一种办法，派暗探潜入牢城营，灌输他们大宋贫贱有别，相反夏蒸蒸日上，唯才是举的思想，再将他们救出去，肆意传播这种观念，多年后必将让穷苦之人对大宋失望，再起战事。丁二告知，他被派来做这种事，本来已经绝望，但赵简给了他希望，他决定回夏走自己的路。说完，消失在混乱中。与此同时，传道人一刀杀死副营头，表示今日所做的一切都是为了制造混乱帮少主逃出去。

原来，薛映的父母因为薛映进入秘阁而脱离了军户身份，来到开封开了一家汤饼铺子，如果薛映离开秘阁，那薛家将再次沦为军户，一辈子都不能摆脱。薛父在薛映眼里是一个懦弱胆小之徒，父子关系并不融洽。眼看被一个小吏欺负，薛父也只是忍耐，韦衙内上前摆平小吏。薛映心里默默感激，两人之前的不愉快算是解开。陆观年为第七斋带来新的任务。根据线报夏军细作盯上了弓弩院的一名天才技师，需要第七斋护送该弓弩技师去城东宅院等待禁军交接保护。大家分头行动，王宽和小景在城东宅院接应，元仲辛和赵简前去弓弩院接人。韦衙内以为自己终于可以大显身手，谁知他与薛映只不过是被分配了后援的任务。韦衙内暗暗打起自己的小算盘。

韦衙内暗中嘱咐薛映赶快回汤饼铺子看住陈工，劝他赶紧画出车行炮图纸。韦衙内回太尉府查探禁军方面的动向，遭到父亲韦卓然斥责，而且还得知他能够加入秘阁是父亲一手安排。韦衙内被父亲的不屑态度刺痛，暗中发誓要借陈工的事情扬眉吐气。薛映讨好陈工，却反而把陈工吓得不轻，韦衙内费了九牛二虎之力才把陈工安抚住。元仲辛和赵简不谋而合地想到了去弓弩院陈工的住处查找线索。在弓弩院，二人撞见王宽，三人合力查验，发现陈工身上有着诸多解释不清的谜团，他吃喝嫖赌样样精通，却在衣柜里藏了蒸馒头，还在枕头里面藏了沾有血迹的箭头。

夏军细作突袭汤饼铺子，薛映奋力拼杀，却寡不敌众，加之薛父薛母被对方挟持，薛映和韦衙内只得被迫交出陈工，可夏军细作仍不依不饶地要对他们下死手。千钧一发之际，一向窝囊的薛父突然大发神威，以一当十，瞬间杀翻了所有夏军细作。薛映和韦衙内被这反转的一幕惊得目瞪口呆。元仲辛和赵简适时出现，薛父误以为是细作，一招杀去，眼见元仲辛就有生命危险，幸好被薛映即使喝止，几人后怕不已。薛父打败夏军细作之后又恢复了紧张无措的老实人状态。在薛映的追问之下，他才道出实情。原来，薛父曾经是边军大将的亲卫，专司护卫刺杀。然而，在薛映刚出生那年，薛父手刃敌军，却得知此人也同样有着一个刚出生的儿子。

元仲辛和陈工男扮女装在赵简的带领下通过密道进入了女浴室，陈工被美女吸引，险些露馅。就在三人即将成功混入秘阁的时候，却被女生们叫破行踪，令人意外的是，被识破的人竟然是元仲辛。女生们按住元仲辛就是一顿胖揍。赵简则趁乱带着陈工离开。陈工并不甘心被这群人摆弄，趁众人去上课的时机想方设法要逃跑。谁知，房间内外处处皆是防止他逃跑的陷阱，陈工被弄得几乎要崩溃。随后，陈工故意将七斋男女生宿舍搅的天翻地覆，妄图激怒众人将他送走，元仲辛却戳穿了陈工的伎俩。无奈之下陈工只能先暂时按捺下来开始画图，再另寻他法离开七斋的控制。

七斋少年们自以为此次藏匿陈工的行动密不透风，谁知陆观年却已经对他们的古怪行为有所怀疑。陆观年叫来秘阁学长刘生，吩咐他密切监视七斋。傲慢的刘生一直认为七斋除了赵简之外，没有一个人适合留在秘阁，应该全部被清退。接到命令后，刘生决定给七斋来个突然袭击，搜查寝室。七斋被打得措手不及，幸亏元仲辛机智地将陈工藏在了变戏法的大箱子里，上面又盖着赵简的小衣肚兜，才让刘生放松了警惕，蒙混过关。而在此次查寝的时候，赵简发现了自己寻找已久的生辰贴，就放在王宽珍藏的一个锦盒里。只要她拿到了这份生辰贴，王宽也就再无理由拒不退婚。

陈工吵着要走，不料陆观年亲自到访，将众人和陈工堵个正着，让元仲辛等人解释，为什么瞒着自己。元仲辛说，他们是遵照陆观年教导的原则，不要相信任何人。王宽看出陆观年并非来兴师问罪。果然，陆观年告诉大家，他的所作所为是出于对七斋的保护，因为他也同样察觉陈工一事疑团重重，禁军中很可能存在问题。众人愧疚。元仲辛说把陈工和图纸都上交给秘阁便可万事大吉。赵简却认为他们不能拖累秘阁，只有七斋找出禁军里的神秘内奸，才能真正的完结这件事。王宽这次也选择站在赵简这一边。

七斋的护送任务终于结束，然而元仲辛心中的疑惑仍没有解开，他认为在马山的背后还有隐藏势力，这个想法和赵简不谋而合。元仲辛和赵简一起来到枢密院看护陈工的房间，提点陈工注意安全，而陈工看破生死的态度让元仲辛赵简很是意外。元仲辛和赵简从陈工那里得不到答案，只能离开，谁知却遭到了禁军残酷的追杀，赵简甚至被暗箭射伤。原来陈工在两人离开后，意外身亡，元仲辛二人成为了嫌疑人。禁军满城搜捕元仲辛和赵简，两人艰难避过。元仲辛发现赵简肩头的箭伤很严重，两人计划先躲到薛映家的汤饼铺子，却看到王宽等人已经被禁军带走了。

太尉府中，韦衙内、王宽和小景跪在韦太尉面前。衙内谎称赵简怀了自己的骨肉，肯求父亲赐药。可老谋深算的韦太尉并不信儿子的话，衙内绝望无比，最后竟将毒箭直接刺入自己胳膊，以死相逼，总算拿到解药。赵简毒性大发，彻骨冰寒，看着饱受折磨的赵简，元仲辛再不犹豫，将赵简紧紧地抱在怀里，安慰她。赵简终于感受到温暖，她知道自己已经必死无疑，终于鼓足勇气说出内心深藏的秘密——她其实是喜欢元仲辛的。元仲辛一时不知该怎样回应，赵简却说她只是不想带着遗憾死去才说了实话，她并不需要元仲辛的回应。

赵简服下解药后，终于缓了过来，元仲辛和小景都松了口气。大难不死的赵简与元仲辛彼此深情对望竟暂时忘了小景的存在。随后，他俩从小景口中得知这解药是韦衙内从他爹那里讨来的，而韦衙内和王宽已然被韦太尉软禁了。元仲辛只身潜入太尉府，要换王宽出去，韦衙内则利用苦肉计以死相逼让父亲放了七斋兄弟。韦卓然虽然答应放了王宽和元仲辛，但却提出一个条件——七斋从此与自己的儿子撇清干系，形同陌路，以后再闯什么祸，都与韦衙内无关。元仲辛和王宽决定妥协，就此与韦衙内拥抱诀别，韦衙内一言不发，只能默认这个结果。